El avance de COVID-19 es una situación excepcional que se ha transformado en un reto para los investigadores. En 2019, Feng Zhang publicó un protocolo de detección de ácidos nucleicos basado en la tecnología CRISPR llamado SHERLOCK (Specific High sensitivity Enzymatic Reporter unLOCKing). Este método ha sido el primer sistema de diagnóstico de COVID-19 basado en CRISPR en ser autorizado por la FDA. Dos nucleasas, cas12a y cas13a, han aumentado su popularidad en diagnóstico debido a su capacidad específica de corte en trans colateral.
El protocolo
(disponible pulsando aquí) está desarrollado sobre la identificación de dos genes, S gene y Orf1ab, del genoma de Covid-19. Dividido tan solo en tres pasos:
a) Amplificación del RNA viral (RPA technology)
b) Detección del RNA utilizando CAS-13a nuclease y crRNAs sintetizados por Synthego
c) Identificación mediante tira reactiva
Desafortunadamente, las pautas para el diseño de las guías para CAS-13a aún no están definidas de forma clara, en términos de requerimientos de PAM o estructura secundaria. Por lo que requiere una alta dedicación bioinformática para el diseño. Es por eso por lo que el equipo bioinformático de Synthego ha realizado una búsqueda exhaustiva de las regiones conservadas en base a las secuencias publicadas en ViPR (Virus Pathogen Resource) y ha prediseñado sgRNAs que podrán utilizarse tanto para el desarrollo de kits de diagnóstico como terapéuticos. Los diseños se han realizado teniendo en cuenta posibles "off-targets effects” en RNA humano y enfocados en las proteínas estructurales más importantes de SARS-CoV-2: orf1ab, S (Spike), M (membrana), N (nucleocápsida) y E (envelope).
