Los long non-coding RNAs (lncRNA) son tránscritos de más de 200 nucleótidos que no codifican proteínas. Pueden funcionar activando o inhibiendo la expresión de genes a través de diversos mecanismos. Algunos de ellos se han visto desregulados en varios tipos de cáncer y otras patologías. Esto, junto con su especificidad de tejido y de estadio de desarrollo, hacen de los lncRNA unos buenos candidatos como biomarcadores.
El abordaje más recomendable a la hora de estudiar la expresión de lncRNA es el análisis por microarrays, que le aporta la siguientes ventajas:
- Más sensible y específico que RNA-seq: debido a su poca abundancia, su cuantificación mediante RNA-seq requeriría cientos de lecturas. Además, su alto nivel de solapamiento con mRNAs hace que el análisis por microarrays, mediante un diseño de sondas adecuado, sea más específico.
- Detección completa de una colección de lncRNA y mRNAs relacionados: obtenida de las bases de datos Refseq, USCS, GENCODE, lincRNA, ncRNAdb y publicaciones de referencia.
- Anotación sistemática y detallada, subclasificación y análisis incluidos en el servicio: clasificación según su contexto genómico (Intergenic (LincRNA), Very long intergenic lncRNAs (vlincRNA), Intronic, Bidirectional, Sense-overlapping, Antisense, Pseudogene lncRNAs), según su especificidad de tejido y según su relación con diferentes procesos biológicos y patologías.
bioNova y Arraystar le ofrecen el servicio de análisis de lncRNA por microarrays:
• Human lncRNA microarray service (8 x 60K) (20.730 mRNAs y 40.173 LncRNAs)
• Mouse lncRNA microarray service (8 x 60K) (24.881 mRNAs y 35.923 LncRNAs)
• Rat lncRNA microarray service (4 x 44K) (24.626 mRNAs y 13.611 lncRNAs)
