lunes, 15 de julio de 2024
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¿Y si lo que pasa con ese RNA es por un cambio estructural?

La estructura juega un papel fundamental en la función del RNA por lo que conocerla puede responder muchas de las incógnitas que se plantean al intentar describir/mejorar su actividad. Ya sea porque define las modificaciones postraduccionales que porta, las moléculas/proteínas con las que interacciona o por su efecto sobre la vida medía.

En los últimos años se ha desarrollado una potente herramienta para estudiar la estructura de RNA, independiente de la base nucleótidica: SHAPE (Selective 2´-Hydroxyl Acylation analysed by Primer Extension) que permite inferir los cambios estructurales del RNA tanto in vitro como in vivo.

El RNA, ya sea transcrito o dentro de las células, se trata con NAI, un reactivo que formará un aducto con los nucleótidos flexibles (que no están interaccionando con otros nt o proteínas). Durante la síntesis de cDNA del RNA tratado, el aducto genera una mutación que permite identificar/cuantificar esos nucleótidos mediante NGS. Facilitando la definición de la estructura secundaria y/o los nt esenciales para ese RNA.



Figura: Workflow de tratamiento y análisis SHAPE.

Ahora, con bioNova, también podrás estudiar la estructura del RNA de interés de una forma fácil, con un servicio 100% personalizado. Además, disponemos de datos ya analizados disponibles. eSHAPE-map realizado sobre el RNA total de células k562 y sobre dos tipos de tejidos (cerebro e higado). 

Si te interesa conocer la estructura de un RNA en concreto ¡dínoslo!

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